Как функционират те?
 

В повечето случаи основният елемент на дънния филтър е пластмасова решетка, която се поставя на дъното на аквариума. Тя позволява на водата да минава свободно през грунда, като по този начи заселилите се там амоняк и нитритокисляващи бактерии могат да пречистят вода. Освен биологична, този тип филтри осигурват и механична филтрация, като засмукват свободно плуващите частици. За захранване на цялата система се използва помпа. Преминалата първо през грунда, а след това и през решеткаата и вече пречистена вода се отвежда по тръба до горната част на аквариума, където се излива обратно в него.

Препоръки
 

Този тип филтрация е по-подходящ за аквариум с малко растителност.

При употреба на дънен филтър не е нужно грундът да се сменя през определен период. Необходимо е обаче той да бъде почистван периодично. Това става най-лесно с вакуумна чистачка (сифон).  Освен за да се премахне механичното замърсяване, сифонирането на грунда се налага и за да се предотврати образуването на места с по-тънък слой грунд, защото ако това се допусне, водата ще преминава предимно през тях.

Не бива да се почиства обаче цялото дъно наведнъж. Една четвърт до една трета от площта при всяка седмична смяна на водата е напълно достатъчно. Целта е да не се премахнат твърде голяма част от полезните бактерии.

В желанието си да са по-конкурентоспособни, някои фирми предлагат дънни филтри, снабдени с допълнителни касетки с активен въглен, разположени преди изхода. Това обаче не само е напълно излишно, а дори може да бъде опасно. В тези касетки няма достатъчно активен въглен за пълноценна химична филтрация, а в същото време те намаляват чувствително и дори могат да спрат напълно водния поток. Освен това активният въглен има определен срок на действие, след изтичането на който той започва не само да не поема токсини от водата, а да отделя такива обратно в нея. Ако въпреки това желаете да използвате активен въглен, ще трябва да сменяте пълнежа на касетката ориентировъчно около 3 пъти на месец.

За и против

Много акваристи отричат дънния филтър като концепция с твърдението, че е остаряла и дори опасна система. Сериозни аргументи в подкрепа на това твърдение обаче няма. Дънните филтри предоставят възможност за достатъчно ефективна биологична и механична филтрация.